Nació en Tobarra (Albacete) en 1842, cuya casa en la que vivió todavía se conserva (C/ Mayor). Sacerdote, literato, archivero... fue uno de los primeros bibliófilos de España.

Ingresó muy pronto en el Seminario de San Fulgencio de Murcia y se ordenó sacerdote aún muy joven; Orihuela y luego Tobarra –donde fue Rector en San Roque- fueron sus primeras parroquias.

Su inagotable afán de saber le pedía compaginar el sacerdocio con el estudio y más tarde con la enseñanza. Se traslada a Madrid para aprender ciencias. Llegó a ser Licenciado y Doctor en Física y Química.

Aprobó la Cátedra de Agricultura en San Juan de Puerto Rico, pero renunció voluntariamente sin llegar a ejercer ya que sus compromisos como sacerdote llevaban hacia otros lugares (fue nombrado Capellán de Atocha y luego de las Descalzas Reales).

Llegó a desempañar la docencia en Madrid, en la Escuela Superior Diplomática, donde fue profesor de Bibliografía. 

Ingresó en el Cuerpo de Archiveros y Bibliotecarios: Biblioteca Provincial de Toledo (1882); después la Biblioteca Nacional, la Academia de la Historia; el Archivo Histórico Nacional, hasta recorrer Archivos y Bibliotecas de todo el país.

Hombre de una amplísima formación literaria –uno de los máximos especialistas en la obra de Cervantes- deleitaba y compartía conocimientos en su famosa “Tertulia de la Farmacia Galloso” a la que acudía personajes de tal importancia como Pérez Galdós, Menéndez Pelayo y Pío Baroja, entre otros muchos, y disfrutaba con la organización y desarrollo de actividades culturales como la preparación, en 1905, de la Exposición Cervantina que se exhibió en la Biblioteca Nacional, llegando a ser visitada por el Rey.

A la muerte de Francisco Silvela, cuando quedó vacante en la Academia el sillón Letra K- a propuesta de Pérez Galdós y Menéndez Pelayo- fue nombrado Académico en la Sesión celebrada el dos de noviembre de mil novecientos cinco, una época en la que ya estaba enfermo, por circunstancias desconocidas pasaba largas temporadas en Horche (Guadalajara).

Creador de la metodología de los estudios bibliográficos en España. Publicó importantes descubrimientos sobre imprentas españolas y sobre autores y obras de Lope, Calderón y otros escritores, pero principalmente de Cervantes, con documentos inéditos hasta entonces no conocidos y estudios sobre su obra ejemplares y de reconocido prestigio

Su monumental obra Bibliografía Madrileña, no recuperada todavía, fue premiada por la Biblioteca Nacional en 1888.

Uno de los mayores estudiosos sobre la obra de Pérez Pastor, el crítico José Fernández Sánchez, califica su obra de “bien documentada, rigurosamente histórica, de excelentes introducciones, con una metodología adecuada y un gran éxito profesional”.

Entre sus obras más importantes –reseñadas según el orden de aparición- caben citarse las siguientes:

• La Imprenta de Toledo (Madrid, Manuel Tello, 1887): Premiada por la Biblioteca Nacional, recoge 1.530 reseñas bibliográficas, apéndices e índices artículos sobre los trabajos publicados en la ciudad de Toledo desde 1430 hasta la publicación de la obra.
• Bibliografía Madrileña del Siglo XVI 3 Tomos (1891): Premiada por la Biblioteca Nacional.

Tipografía de los Huérfanos (vol. I) Refleja la vida de impresores, escritores, etc, del S.XVI.

Tipografía de la Revista de Archivos, Bibliotecas y Museos (vols. II y III) 1891-1907: Recoge en el primero volumen la Bibliografía Madrileña de 1601 a 1620 y en segundo de 1621 a 1625.

Es una obra clásica de la bibliografía madrileña, con numerosas láminas entre los textos, con 2240 referencias ordenadas alfabéticamente, incluyendo un amplio apéndice documental e índices de búsqueda, encuadernación holándesa, conserva en la actualidad las cubiertas originales.

• Proceso de Lope de Vega por libelos contra unos cómicos (1901): En colaboración con Atanasio Tomillo publica datos desconocidos de la vida de Lope de Vega, que no sentaron nada bien a Lope.
• Documentos Cervantinos hasta ahora inéditos 2 Tomos (Madrid, Imprenta de Fortanet, 1897-1902): Es la obra más importante de toda su bibliografía, recoge en150 documentos datos y hechos inéditos sobre la vida de Cervantes, no publicados anteriormente y desconocidos obre el autor del Quijote. Encuadernado en pasta de época. Fue una edición patrocinada por el Marqués de Jerez de los Caballeros.
• Documentos para la Bibliografía de D. Pedro Calderón de la Barca (Madrid, Imprenta de Fortanet, 1905)
• Nuevos datos acerca del Histrionismo español en los Siglos XVI y XVII (Madrid, Imprenta de la Revista Española, 1901).

Publicó también numerosos artículos que aparecieron en la Revista de Archivos, Bibliotecas y Museos.

Murió finalmente en 1908 en Horche (Guadalajara), muy joven a los 66 años de vida.

Tobarra le dedicaría una de sus calles, próxima a la vivienda donde habitó, dando su nombre años más tarde al Instituto de Enseñanza Secundaria Obligatoria como reconocimiento al legado e importancia de su obra y ejemplo a las generaciones venideras de esfuerzo, constancia y dedicación. Orden de 24 de junio de 1996 por la que se aprueba la denominación específica de «Cristóbal Pérez Pastor» para el Instituto de Educación Secundaria de Tobarra (Albacete). (BOE 17-07-1996 H.13 - Pág. 22521